Salgın sürecinde uygulanabilecek yöntemlerden biri de çalışanlara yıllık izin kullandırılmasıdır. İşveren, yönetim hakkı prensibi çerçevesinde çalışanların yıllık izinlerini ne zaman kullanacakları konusunda karar verme yetkisine sahiptir. Ancak işverenin bu hakkını yönetim hakkını kötüye kullanmaksızın, dürüstlük kuralına uygun olarak kullanması gerekmektedir. Bu kapsamda çalışanların kıdemi dikkate alınarak önceki senelerden devreden yıllık izinlerinin de mevcut olması durumunda birikmiş izinlerin de kullandırılması gündeme gelebilecektir. İşverenlerin yıllık izin kullanılacak tarihleri işçiye yazılı olarak tebliğ etmeleri gerekmektedir.

Kanunda açıkça iş yerinde 1 yıl boyunca çalışan işçinin yıllık izne hak kazanacağı düzenlenmiş olduğundan henüz izin hak etmemiş bir işçiye ücretli izin veren işverenin işçinin ücretinden kesemeyecektir. Uygulamada işçiden bu avans yıllık iznin kullandırılması öncesinde bu izin günlerine ilişkin ücretin aylık ücretten kesileceği ya da tazminatlardan mahsup edileceği yönünde onaylarının alındığı görülmekteyse de bu belgenin hukuken geçerliliği tartışmalıdır.

İşverenin nisan ayı başı ile ekim ayı sonu arasındaki süre içinde, işçilerin tümünü veya bir kısmını (yıllık izni henüz hak etmemişler dahil) kapsayan toplu izin uygulayabilmesi mümkündür. İşveren bu durumu her işçinin izin süresinin bitimini gösterecek biçimde düzenler ve ilan eder.

Yıllık iznin kullanılacağı tarihlerin belirlenmesi yönetim hakkı kapsamında değerlendirilmekte olduğundan, işçi işveren tarafından belirlenen tarihler arasında toplu izin uygulamasına uymak zorundadır.

Kısmi süreli ya da çağrı üzerine iş sözleşmesi ile çalışanlar da yıllık ücretli izin hakkından tam süreli çalışanlar gibi yararlanacaklardır ve bu şekilde çalışan işçiler diğerlerinden farklı bir işleme tabi tutulamaz.

İşveren toplu izin kullanımını dilerse iş yerinin tamamı, dilerse de bir kısmı için uygulanacak şekilde ilan edebilir. Toplu izin uygulanması halinde işveren iş yerinin korunması, iş yerindeki araç, gereç, donatım veya makinelerin bakımı, hazırlanması, temizlenmesi veya güvenliğinin sağlanması gibi zorunlu durumlar için yeter sayıda işçiyi toplu izin dışında tutabilmesi mümkündür. Ancak toplu izin uygulaması dışında bırakılması planlanan işçilerin haklarında sokağa çıkma kısıtlamasına tabi (65 yaş ve üzeri ile bağışıklık sistemi düşük ve kronik akciğer hastalığı, astım, KOAH, kalp/damar hastalığı, böbrek, hipertansiyon ve karaciğer hastalığı olanlar ile bağışıklık sistemini bozan ilaçları kullanan) kişiler olmadığından emin olunmalıdır.